Gli insegnamenti di Usui erano originariamente Buddhisti e Shintoisti e comprendevano pratiche energetiche Shinto. Il metodo di Usui era fondato su pilastri importanti come Hatsu Rei Ho e Reiju. Hatsu Rei Ho fa parte di un rituale Buddhista ed è praticato nelle arti marziali. Usui scoprì Reiju (metodo per iniziare: “Rei” – energia Reiki e “Ju” – dare qualcosa) e Hatsu Rei Ho (procedura di purificazione di corpo, mente e spirito). Queste due pratiche divennero dunque le parti più importanti del suo insegnamento Reiki. In base alla scoperta di Petter, Usui aveva anche un piccolo Hikkei (manuale) che conteneva le Affermazioni, gli Insegnamenti spirituali, Hatsurei-ho, le Meditazioni,ed ipoemi Waka, dell'imperatore Meji, di cui Usui fu ammiratore,e scelse 125 poesie Waka come Gyosei, che letteralmente vuol dire: "creato dall’Imperatore" ma il reale significato è "il Waka creato dall’Imperatore ", includendole nel suo manuale.
Usui raccomandava ai suoi studenti di leggere le poesie Waka ad alta voce nel primo passo (Shoden) del loro cammino di lavoro spirituale.
Egli insegnò la guarigione per se stessi e per gli altri dando importanza alla salute e alla felicità. Questo ci trasmette il significato della sua Pratica Spirituale: il metodo di Usui per il miglioramento del corpo, della mente, dello spirito. Dalle arti marziali Usui prese probabilmente i nomi per i differenti "livelli" di apprendimento del suo sistema:
Shoden (primo insegnamento)
Okuden (secondo insegnamento)
Shinpiden (Terzo insegnamento – Insegnante)
Shihan (Quarto insegnamento – Maestro)
ll Tirocinio degli Operatori Reiki per ogni livello darà l’opportunità di poter richiedere le certificazioni nazionali e l’iscrizione Asi BDN-DOS ed Albo PRAI.